È la seconda chiesa dedicata al santo, perché la prima (sec. XIV), divenne insufficiente per la crescente popolazione del borgo. Una colonna della prima chiesa, demolita nel 1632, è nel sagrato.
La seconda chiesa è stata terminata nel 1636. Sulla fine del XVIII secolo la chiesa venne ampliata con la costruzione del coro.
I luminosi affreschi del soffitto sono opera del pittore spezzino Luigi Agretti, e sono assai recenti (1932). Oltre a Sant'Erasmo, protettore dei marinai, che placa la tempesta, vi è rappresentata la gloria di San Francesco e la narrazione del miracoloso ritrovamento negli scogli della tavola della cosiddetta Madonna di Maralunga, da parte di tre pescatori lericini.
La facciata in marmo è del 1962. I marmi della cappella della "Madonna di Maralunga" risalgono al 1953. Importante il crocifisso del 1300 che si ritiene provenire da Santa Marta, prima chiesa dell'originario borgo medievale, oggi scomparsa.
Pregevoli i quadri secenteschi del Fiasella, il "S. Agostino" (in alto si legge la scritta 'Positus in medio quo me vertam nescio'(Posto in mezzo non so da quale parte voltarmi, cioè fra Gesù e Maria) e la "Madonna con bambino e Santi Bernardino e Francesco", nonché la "Visitazione di Maria a Santa Elisabetta" del genovese Giovanni Carbone, allievo del fiammingo Van Dyck (1647), la "Assunzione della Vergine" di Giovanni Miel (1657), le Sante Lucia, Caterina di Alessandria e Cecilia, con i tradizionali simboli iconografici, di pittore ignoto di scuola toscana (1500), un San Giovanni Battista al Giordano, opera del ligure Domenico Bocciardo. Rilevante la Madonna lignea dello scultore genovese Anton Maria Maragliano.
Straordinario valore artistico e devozionale riveste la cappella dedicata alla Madonna di Maralunga, patrona di Lerici, celebrata il 25 marzo. Secondo la tradizione, la pregevole tavola, la cui iconografia è unica nel suo genere, in quanto raffigura due Madonne con bambino affiancate l'una all'altra, fu rinvenuta miracolosamente da tre pescatori in prossimità del promontorio di Maralunga, nel 1480. In realtà appare ormai certo che l'opera sia stata commissionata: nel quadro si leggono queste parole "Colottus. q. Jacopelli et Petrus Dominicus Muttini T.F.1480", cioè i cognomi dei tre scopritori e le iniziali di "testes fuerunt". Successivamente, qualcuno ha dipinto nel quadro, dopo i nomi degli scopritori, il termine invenerunt (cioè trovarono). A seguito di interventi di restauro, è emerso che l'originale strato dipinto portava le lettere "F.F." cioè "fecerunt facere". Probabilmente il quadro fu stato commissionato ad un pittore toscano, raccomandando che riprendesse il cartiglio della Madonna Bianca di Porto Venere che recita "Madre Mia ço che te piaxe me contenta purch'el pecatore del mal fare se penta" (secolo XIV), infatti il cartiglio lericino così suona: "Madre mia io son cotento pur che lo pecator si penta", in un italiano più evoluto (secolo XV). La Madonna con la veste verde ricorda quasi esattamente la Madonna dell'Arena, che, seconda la tradizione fu tirata su nella rete di pescatori santerenzini.