La villa, la cui prima fase di costruzione risale al I secolo a.C., è realizzata principalmente da un complesso residenziale rustico e da una area produttiva a fini agricolo, legata puramente alla lavorazione e produzione dell'olio di oliva. Il sito si trova presso il Seno del Varignano Vecchio (affacciato sul mare) tra la zona del santuario delle Grazie e, a nordest, del forte militare omonimo. Il quartiere padronale (pars urbana) e la zona produttiva (pars fructuaria) sono separate da una corte che fungeva a luogo delle lavorazioni del torcularium (frantoio per olio). Gli appartamenti del dominus furono concepiti per uno sviluppo orizzontale, con atri pavimentati a mosaico e stanze per il riposo giornaliero e notturno. L'impianto per la lavorazione dell'olio, erano presenti due torchi per la spremitura e una cella olearia a cielo aperto, rimase attivo fino al I secolo d.C. È in questo periodo storico che l'area del fattore (vilicus) subì una significativa trasformazione architettonica, chiamata per l'appunto "seconda fase", con la costruzione di un impianto termale privato con locali riscaldati e vasche per i bagni freddi. Per lo scopo fu realizzata una cisterna voltata, considerata pressoché unica nel suo genere rispetto ad analoghi edifici romani dell'Italia settentrionale.