È la primitiva chiesa del Borgo Pisano (1241), ma ve ne fu una più antica, dedicata a San Giorgio, posta sulla riva del mare. Santa Marta si trova facilmente, entrando nei carobi dalla porta fortificata di Piazza Mottino, originariamente munita di ponte levatoio.
Essendo oggi Santa Marta un fondo di pescatori, di proprietà privata, non è stato possibile studiarne l'interno, ma il portale mostra una trabeazione che contiene una immagine della Rete di Indra, inserita nel sudario che cinge la parte alta del legno della croce.
Si ritiene che questa simbologia, legata al Buddismo (India, sec. V a.C.), sia qui stata portata dai Templari, che avevano raggiunto perfino la grande città carovaniera di Petra (Giordania). Analoga simbologia si rinviene ad Albenga, Prato, Sovana, Volterra. Si noti che a Petra vi è anche la pianta del mais giovane, che si ritrova nel cippo di Volastra (Cinque Terre).
Il Canonico Gio Batta Gonetta alla pagina 118 del suo libro, uscito postumo col titolo "Saggio istorico descrittivo della diocesi di Luni-Sarzana", scrive: "Forse dal quinto secolo in poi, prima chiesa di Lerici, S. Marta sotto il di lei antico poggio, in riva al mare, ove quindi, in riguardevole
accrescimento del paese, i Pisani costruivano Borgo Nuovo". È da ritenersi che questa tradizione sia riferita al portale che si rinviene nel Borgo Pisano, nel "carobio de fondo" poi divenuto via Ambrogio Giacopello (il patriota lericino morto esiliato a Marsiglia) portale che ha subito una damnatio memoriae forse in epoca napoleonica.Non è credibile l'ipotesi del Gonetta di una chiesa titolata alla Santa già nel V secolo, perché tracce del culto di Santa Marta in Provenza si hanno a partire dall'813 - 814.
Pare che la chiesa di Santa Marta sia stata distrutta dai Saraceni nel 1152, ma non si hanno prove documentali.